Pada bulan Desember 2006, Mahkamah Agung mengeluarkan Pedoman Perilaku Hakim yang berlaku untuk hakim di seluruh pengadilan di Indonesia. Pedoman Perilaku Hakim ini merupakan prinsip-prinsip dasar bagi para hakim termasuk hakim Pengadilan Niaga dan Pengadilan Tindak Pidana Korupsi. Hal ini juga sepenuhnya konsisten dengan tujuan dan sifat dari kegiatan Pengadilan Niaga dan Pengadilan Tindak Pidana Korupsi.

Pedoman Perilaku Hakim disusun berdasarkan 10 prinsip dan perilaku yang diharapkan:

1. Sikap yang arif dan bijaksana
2. Berperilaku jujur
3. Berperilaku adil
4. Bersikap mandiri
5. Integritas tinggi
6. Bertanggung jawab
7. Menjunjung tinggi harga diri
8. Berdisiplin tinggi
9. Berprilaku rendah hati
10. Bersikap profesional